Navelさんは小ネタをとにかく入れる精神なので、本編以外にも様々なところに小ネタが仕込まれています。
その中でも特に面白い小ネタをピックアップしていきます。
一部『Shuffle!』を知らないとわからないネタもあるかもしれません。
説明書に掲載されているミニゲームページにて、「登校レース」（リアリア猛レース）でネリネが走っているスクリーンショットが存在しています。
……ふつーにネタバレしとるっていうね。
プリムラが持っているぬいぐるみである虎玉、稟からプレゼントされた白玉と黒玉は、ゲームでも大活躍しちゃっています。
（というかNavelの公式ブログが「しろたまぶろぐ」だし）
セーブ画面では寝ながらノートに書いている白玉、
ロード画面ではその書いたノートを読む白玉が描かれています。
ノートを見ながらハートマークがあったりしますが、別にそんなシーンを見ているわけでは……？
また虎玉が何故かリアリア猛レースのロード画面にも使われています。
そして黒玉については間違い探しの「なくなったもの」で登場。
ＤＳ版では挿入歌である『Ageless Love』がカラオケ版に変更されています。
容量が減ってしまって声まではいらなかったのか、声と声がかぶって聞こえづらいという声があったのか、それとも権利の問題でもあったのか。
いずれにせよ、カットされていたのがちょっと残念な気がします。
また原作にはあったとされる、BGMテストも『リアリアDS』にはありません。
ミニゲームのショップで購入出来る景品にある、CGに刻まれた謎の２文字。
実はこれらはNavelが手がけた作品の頭文字から取られています。
（SLは『Soul Link』、TTは『Tick! Tack!』、OTは『俺たちに翼はない』……など）
CGについてはDS版でしか収録されていないとのことです。
